З 15 липня 2020-го до 17 лютого 2021 року обіймав посаду заступника голови Держлісагентства. Член Аграрної партії України.

До 2007 року працював у Державній лісовій інспекції в Київській області. Опісля обійняв посаду інженера в місцевому лісгоспі, п’ять років працював лісничим, потім – директором Прилуцького лісогосподарського підприємства. З 2012 по 2020 рік очолював ДП "Ніжинське лісове господарство" і за цей період підприємство стало одним із найкращих у Чернігівському ОУЛМГ.

Також пройшов виробничу практику у Великій Британії. У 2020-му Болоховця призначили начальником Чернігівського обласного управління лісового та мисливського господарства.

З липня 2020 року був заступником голови Державного агентства лісових ресурсів України, а у лютому 2021 року очолив це відомство. 4 травня 2023 року працював т. в. о. генерального директора ДП “Ліси України”. З 6 жовтня 2023 року є генеральним директором цього державного підприємства.

Його діяльність як керівника Держлісагентства та ДП “Ліси України” постійно супроводжується гучними скандалами та розслідуваннями, пов’язаними з корупційними справами. У липні 2025 року ДБР навіть повідомило Юрію Болоховцю про підозру у незаконному збагаченні, а суд призначив заставу у 91 млн грн. Але попри це посадовець залишається ключовою фігурою у керівництві підприємства.