Підприємства мають купувати певну кількість квот, щоб покрити свої викиди за певний період. Частину квот підприємства можуть отримати безкоштовно, якщо це передбачено чинними правилами. Однак іншу частину доводиться купувати на вторинному ринку, тобто на аукціоні, який проводиться від імені держави. На вторинному ринку квоти можна купити в інших підприємств на спеціальній біржі. В ході торгів і встановлюється ціна на CO2.
Центральним елементом EU ETS є об'єднаний реєстр, що веде облік парникових квот та парникових викидів, де всі учасники мають свої рамки. Його роботу забезпечують 2 типи адміністраторів – центральний та національний.
EU ETS є децентралізованою системою. Країни-учасниці можуть самостійно вирішувати, які органи будуть впроваджувати правила торгівлі квотами на національному рівні. Не заборонено поєднувати всі контролюючі функції в одному органі.
Перша пілотна фаза EU ETS розпочалася у 2005 році, під час якої створювалася інфраструктура для торгівлі викидами, зокрема щодо моніторингу, верифікації тощо. Спочатку система поширювалася лише на країни ЄС, згодом охоплення поступово збільшувалося. Також збільшувалося охоплення парникових газів, адже спочатку EU ETS включала лише викиди вуглецю. Також змінювався розподіл безкоштовних квот, яких спочатку була більшість.
В EU ETS вносилось дуже багато змін, які не завжди були вдалими. Час від часу система потребувала додаткового втручання, щоб повернутися до збалансованої роботи.
ЄС також зберігає безкоштовні квоти. Це потрібно для протидії витоку вуглецю, тобто переносу виробничих потужностей у країни з менш жорсткими екологічними нормами. Ця проблема перш за все існує для тих підприємств, які не мають технологій для швидкої декарбонізації. Безкоштовні квоти дозволяють таким підприємствам дочекатися необхідних технологій для зменшення викидів.
Вони розподіляються на підставі бенч марків, які відображають 10% викидів найбільш ефективних підприємств. Вони поступово знижуються, що стимулює підприємства поступово знижувати свої викиди. У 2020 році за бенч маркерами було розподілено 40% квот.
Починаючи з 2026 року обсяги безкоштовних квот почнуть зменшуватися у звʼязку з запровадженням механізму вуглецевого коригування імпорту — CBAM. З 2034 року безкоштовні квоти скасують для всіх секторів, охоплених CBAM.
Окреме місце у видачі безкоштовних квот займає енергетичний сектор, оскільки з 2017 року всі електростанції мають купувати квоти на викиди. Однак 10 країнам залишили безкоштовні квоти для енергетичних та опалювальних підприємств для перехідного періоду. Наразі ними користуються лише три країни, зокрема Болгарія та Румунія.
Частка безкоштовних квот суттєво відрізняється у галузях. У металургійній та хімічній промисловості обсяги безкоштовних квот можуть суттєво перевищувати фактичні парникові викиди. Виділення безкоштовних квот призводить до того, що не всі підприємства сплачують однакову ціну за CO2. Хтось може нічого не сплачувати, а комусь доводиться купувати квоти для понад 50% викидів.
